圣痕炼金士第二季讲述的是俄国少年沙夏在圣米海洛夫学园，与真冬、灯等人开始*生活，并和其他炼金士们战斗的故事。
来自俄国的少年沙夏，其左脸上有十字架形圣痕，因幼年时遇见了恐怖的经历，使他变成了对任何人都冷淡对待的冷酷个*。这位冷酷的俄国少年是有着“致命者”称号的炼金士，他能够透过吸吮圣*而自由地*纵铁元素的能力。
其后接受命令进入“私立翠玪学园”，翠玪学园是女校，对于炼金士来说便是源源不断的魔力供应之地，随便抓一个都可随时随地的补充能量。但真正目的是找到可以替代泰蕾莎的“雷之携香女”。和沙夏一样同时转入的还有女王卡恰的“生神女”桂木华，看来卡恰将作为沙夏的后盾在暗处和他共同执行任务。沙夏在化妆女*潜入学园后。在这间充满女学生的女校内，遇见了天乃翼、濑田深雪、皋月绫女，在找寻“雷之携香女”中占有举足轻重的角*。
